Protocole de Nagoya : le partage des avantages génétiques

Le mot biopiraterie ne figure nulle part dans le protocole de Nagoya, ni dans le règlement européen qui l'applique. Pourtant, trois affaires continuent de circuler sous ce nom dans la presse et sur les réseaux : le neem indien, une molécule guyanaise et le rooibos sud-africain. Le protocole, lui, ne parle que d'une chose, écrite noir sur blanc dans son article 1 : partager de manière juste et équitable les avantages tirés de l'utilisation des ressources génétiques et des savoirs traditionnels qui les accompagnent.

Le protocole de Nagoya, adopté le 29 octobre 2010 et entré en vigueur le 12 octobre 2014, encadre une chaîne juridique précise : consentement préalable du pays fournisseur, contrat de conditions convenues, puis certificat de conformité reconnu à l'échelle internationale. L'Union européenne et la France l'ont transposé par le règlement 511/2014 et le code de l'environnement, avec des sanctions à la clé.

Le texte a été adopté le 29 octobre 2010 à Nagoya, au Japon, lors de la dixième réunion de la Conférence des Parties à la Convention sur la diversité biologique. Il est entré en vigueur le 12 octobre 2014. Il compte aujourd'hui 143 Parties, la dernière en date étant l'Arménie, dont l'adhésion du 8 juin 2026 a pris effet le 6 septembre 2026, soit un peu plus de deux semaines avant la publication de cet article.

La France l'a signé le 20 septembre 2011 et ratifié le 31 août 2016, pour une entrée en vigueur sur son territoire le 29 novembre 2016. Cette ratification s'appuie sur l'article 46 de la loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, le protocole ayant été publié par le décret n° 2016-1615 du 21 novembre 2016. Côté Union européenne, la signature date du 23 juin 2011 et l'approbation du 16 mai 2014, pour une entrée en vigueur le 12 octobre 2014, en même temps que le texte lui-même.

Traduit dans les faits : Canada, États-Unis, Australie et Fédération de Russie ne figurent pas dans la liste des 143 Parties. En face, le Brésil a ratifié en mars 2021, la Chine a adhéré en juin 2016, l'Inde a ratifié dès octobre 2012, le Japon a accepté le texte en mai 2017 et la Suisse en juillet 2014. Un régime international dont certains des plus gros fournisseurs et utilisateurs de ressources génétiques restent à l'écart, ça change la portée réelle de la mécanique qui suit.

(Un ancien professeur me répétait qu'un texte de droit international se lit d'abord par sa liste d'absents. Celle-ci mérite qu'on s'y arrête : elle dessine en creux qui a intérêt à ce que l'accès aux ressources génétiques reste faiblement encadré, et qui a intérêt au contraire à ce qu'il soit tracé.)

C'est le cœur du dispositif, et c'est aussi ce que les définitions courtes du protocole laissent le plus souvent de côté. Le mécanisme APA (accès et partage des avantages) se déroule en cinq étapes, chacune adossée à un article précis du texte.

1. Le consentement préalable donné en connaissance de cause (PIC), article 6.1 : l'accès à une ressource génétique est soumis au consentement préalable du pays qui la fournit, sauf si ce pays en décide autrement.
2. Les conditions convenues d'un commun accord, articles 5.1 et 6.3 g : les avantages sont partagés de manière juste et équitable, selon des conditions négociées entre les parties. Ces conditions doivent au minimum prévoir une clause de règlement des différends, les modalités de partage (y compris sur la propriété intellectuelle), le sort d'une utilisation par un tiers et ce qui se passe en cas de changement d'intention du bénéficiaire.
3. L'obligation du pays utilisateur, article 15.1 : chaque Partie doit garantir, par des mesures législatives, administratives ou de politique générale, que les ressources génétiques utilisées sous sa juridiction ont bien fait l'objet d'un PIC et de conditions convenues conformes au droit du pays fournisseur.
4. Les points de contrôle et le certificat de conformité, article 17 : chaque Partie désigne des points de contrôle, et le permis délivré, une fois transmis au Centre d'échange, vaut certificat de conformité reconnu à l'échelle internationale (IRCC). Il porte au minimum l'autorité qui l'a délivré, une date, le fournisseur, un identifiant unique, le bénéficiaire, la ressource concernée, la confirmation que le PIC a été obtenu et si l'usage est commercial ou non.
5. Les avantages eux-mêmes, listés en annexe : côté monétaire, droits d'accès par échantillon, paiements initiaux ou par étapes, redevances, droits de licence, fonds d'affectation spéciale, financement de la recherche, coentreprises, copropriété de la propriété intellectuelle ; côté non monétaire, partage des résultats de recherche, collaboration scientifique dans le pays fournisseur, formation, accès aux bases de données, transfert de technologies.

Ce chaînage, texte par texte, remplace avantageusement la formule vague de « lutte contre la biopiraterie » qui accompagne le protocole sur la plupart des pages qui le résument. Le mot n'y figure tout simplement pas : une lecture intégrale du texte français officiel et du règlement européen d'application ne trouve aucune occurrence de « piraterie » dans l'un ou l'autre. « Biopiraterie » reste un terme militant et doctrinal, utile pour nommer un rapport de force, mais absent de la mécanique juridique elle-même.

L'Union européenne a transposé le protocole par le règlement (UE) n° 511/2014 du 16 avril 2014, publié au Journal officiel de l'Union européenne le 20 mai 2014. Trois points méritent d'être détaillés, parce qu'ils encadrent directement ce qu'une entreprise ou un laboratoire européen doit faire.

D'abord, le champ temporel. L'article 2.1 ne vise que les ressources génétiques et les connaissances traditionnelles associées auxquelles il a été donné accès après l'entrée en vigueur du protocole pour l'Union, soit après le 12 octobre 2014. Le règlement n'est pas rétroactif : un accès plus ancien, même contesté aujourd'hui, ne relève pas de ce texte.

Ensuite, la diligence nécessaire, article 4 : l'utilisateur doit rechercher, conserver et transmettre le certificat IRCC ou, à défaut, la date et le lieu d'accès, une description de la ressource, sa source, les droits et obligations associés, le permis obtenu et les conditions convenues. S'il ne peut pas obtenir ces informations, il doit soit demander un permis, soit cesser l'utilisation. Ces informations doivent être conservées vingt ans après la fin de la période d'utilisation.

Enfin, deux déclarations obligatoires, article 7 : une au stade du financement de la recherche, une autre au stade du développement final du produit. Ces deux articles, avec l'article 9, ne sont devenus applicables qu'un an après l'entrée en vigueur du protocole pour l'Union, soit à partir du 12 octobre 2015. Les sanctions, elles, sont renvoyées aux États membres par l'article 11, avec une seule exigence commune : qu'elles soient « effectives, proportionnées et dissuasives ».

Le dispositif français est entré en vigueur le 1er juillet 2017, par un décret du 9 mai 2017. Il repose sur deux voies distinctes. La déclaration (article L412-7 du code de l'environnement) suffit pour la connaissance, la conservation en collection ou la valorisation d'une ressource sans objectif direct de développement commercial. L'autorisation (article L412-8 I) est requise pour toute autre fin, avec un délai d'instruction qui ne peut excéder deux mois à compter de l'accord trouvé sur le partage des avantages.

Quand l'autorisation porte sur un partage monétaire, l'article L412-8 V plafonne le pourcentage du chiffre d'affaires annuel mondial hors taxes et des autres revenus tirés des produits ou procédés à 5 %, quel que soit le nombre de ressources génétiques mobilisées. Cet avantage financier est intégralement affecté à l'Office français de la biodiversité, qui doit l'utiliser pour des projets répondant aux objectifs fixés par l'article L412-4. L'administration peut aussi refuser l'autorisation, mais seulement pour trois motifs prévus par l'article L412-8 IV : un désaccord persistant sur le partage après conciliation, un partage manifestement inadapté aux capacités du demandeur, ou un risque significatif pour la biodiversité ou d'épuisement de la ressource. Le refus doit alors être motivé.

En cas de manquement, l'article L415-3-1 du code de l'environnement, dans sa version en vigueur depuis le 25 août 2021, prévoit un an d'emprisonnement et 150 000 € d'amende pour une utilisation sans les documents requis ou un défaut de recherche, de conservation ou de transmission des informations exigées par le règlement européen. La peine grimpe à 1 million d'euros d'amende si l'utilisation a donné lieu à une exploitation commerciale, avec un plafond porté au double de l'avantage tiré de l'infraction, et une peine complémentaire d'interdiction pouvant aller jusqu'à cinq ans de solliciter une autorisation d'accès à usage commercial.

Le dispositif français exclut cependant certaines situations : les ressources génétiques humaines, les ressources prélevées hors du territoire français, les cas déjà couverts par un instrument international spécialisé, les espèces utilisées comme modèles de recherche, les savoirs traditionnels non attribuables à une communauté précise, les savoirs aux propriétés bien connues et utilisées de longue date en dehors des communautés, les signes de qualité, et quelques régimes spécifiques (espèces domestiquées ou cultivées, sylviculture, laboratoires sanitaires).

Le bilan officiel du ministère de la Transition écologique, arrêté au 30 novembre 2025 et publié en février 2026, donne une idée concrète du volume traité : 960 récépissés de déclaration délivrés, 13 autorisations d'accès à des ressources génétiques, 4 autorisations d'accès à des connaissances traditionnelles portant sur des communautés de Guyane, et environ trois quarts des demandes concernant des ressources de métropole. Côté déclarations de diligence du règlement européen, la France en compte 26 au stade du développement final et 1 005 au stade du financement de la recherche. Elle a émis plus de 850 certificats IRCC depuis 2017, ce qui la place au deuxième rang mondial en nombre, derrière l'Inde ; un comptage de l'index public de la Convention sur la diversité biologique, réalisé le 23 septembre 2026, confirme ce classement avec 3 561 fiches indexées pour l'Inde et 1 035 pour la France. Sur le terrain des contrôles, le ministère annonce lui-même l'adoption prochaine de mesures pour renforcer les opérations, ciblées par analyse de risques.

Ce chiffre de 960 récépissés a fait son petit effet le jour où je l'ai partagé autour de moi : pour un dispositif que beaucoup jugent confidentiel, ça fait tout de même près d'un millier de démarches administratives en huit ans. L'exemple officiel le plus parlant du volet savoirs traditionnels reste sans doute l'identification, par les Amérindiens Wayana du Haut-Maroni, des insectes utilisés dans leur rituel de revitalisation Eputop, aussi appelé maraké : un savoir précis, daté, et passé par la voie de l'autorisation plutôt que par celle, plus rapide, de la déclaration.

Le terme circule pourtant très largement autour de ces trois dossiers, alors qu'aucun des textes de droit qui les ont tranchés ne l'emploie.

Le brevet sur l'huile de neem a été révoqué par la division d'opposition de l'Office européen des brevets, décision notifiée le 13 février 2001 après une audience tenue les 9 et 10 mai 2000, puis confirmée en appel le 8 mars 2005 par la chambre de recours technique 3.3.02, dans l'affaire T 0416/01, sur recours du titulaire, Thermo Trilogy Corporation. Parmi les opposants figurait Magda Aelvoet, députée européenne du groupe des Verts. Le motif juridique n'a jamais été la biopiraterie. En première instance, la division d'opposition a jugé la revendication principale dépourvue de nouveauté, en tenant pour prouvé un usage public antérieur de l'extrait en Inde, lors d'essais menés à l'été 1985 et 1986 dans le Maharashtra. En appel, la chambre a confirmé la révocation pour défaut d'activité inventive au vu d'un article scientifique publié en 1981, en laissant ouverte la question de savoir si l'usage indien était prouvé : elle n'en avait plus besoin pour trancher.

Pour Quassia amara, le brevet déposé par l'Institut de recherche pour le développement (IRD) sur la molécule Simalikalactone E a résisté aux opposants. La Fondation Danielle Mitterrand - France Libertés, Thomas Burelli et Cyril Costes avaient fait appel du rejet de leur opposition ; la même chambre 3.3.02 a rejeté leur recours le 31 mai 2024, dans l'affaire T 2510/18. Le raisonnement de la chambre tient en une phrase : l'exclusion prévue par l'article 53 a) de la Convention sur le brevet européen vise l'exploitation commerciale de l'invention, pas la manière dont elle a été découverte ou mise au point. Selon l'IRD, l'enquête à l'origine du brevet a été menée en 2003 en Guyane auprès de 117 participants, avec un consentement oral, et une proposition de protocole d'accord a été formulée le 6 février 2016 ; l'institut estime que la plante se trouve hors du champ de l'accès et du partage des avantages français au sens de l'article L412-5, et indique que le brevet a été abandonné en 2021 sans avoir jamais été exploité commercialement.

Ces deux affaires ont un point commun qui change tout à leur lecture : elles portent sur des accès antérieurs au règlement européen, même quand la décision tombe en 2024. L'enquête en Guyane remonte au début des années 2000, le brevet sur le neem a été révoqué en 2001 puis confirmé en appel en 2005, soit près d'une décennie avant le 12 octobre 2014. Aucun des deux cas ne pouvait relever d'un texte qui n'existait pas encore.

Le rooibos offre un contre-exemple plus récent et plus abouti. Un accord de partage des avantages a été signé en novembre 2019 entre l'industrie du rooibos et les communautés khoi et san d'Afrique du Sud, sur la base de la loi nationale sur la gestion de l'environnement, du règlement sur l'accès et le partage des avantages et du protocole de Nagoya. Dix transformateurs versent 1,5 % du prix bord champ sous forme de redevance annuelle. Le premier versement, un peu plus de 12,2 millions de rands, a été réparti à parts égales entre deux structures, le Khoi-Khoi Peoples Biodiversity and Rooibos Trust et l'Andries Steenkamp ABS Trust. Selon le ministère sud-africain des Forêts, de la Pêche et de l'Environnement, la négociation a duré neuf ans, et l'accord reste, à ce stade, une phase pilote d'un an.

Employer le mot biopiraterie en dehors des textes me semble utile pour nommer un rapport de force réel entre pays fournisseurs et utilisateurs de ressources génétiques, mais je n'ai pas de certitude qu'il aide davantage le débat juridique qu'il ne le brouille en laissant croire à une qualification qui n'existe nulle part dans le droit positif.

Le protocole de Nagoya couvre les ressources génétiques physiques, mais pas les séquences numériques qui en sont tirées. C'est ce vide que la décision 16/2 de la Conférence des Parties à la Convention sur la diversité biologique, adoptée le 1er novembre 2024 à Cali, cherche à combler en créant un fonds mondial dédié aux informations de séquençage numérique (DSI).

Le taux de contribution reste, pour l'instant, indicatif : 1 % des bénéfices ou 0,1 % du chiffre d'affaires, pour les entités qui dépassent deux des trois seuils fixés (20 millions de dollars d'actifs, 50 millions de dollars de ventes, 5 millions de dollars de bénéfice, en moyenne sur trois ans). Le taux définitif et les seuils exacts doivent encore être fixés par la COP 17, qui se tient à Erevan, en Arménie, du 19 au 30 octobre 2026 : au 23 septembre 2026, rien n'est tranché. La même décision réserve au moins la moitié du fonds aux besoins des peuples autochtones et des communautés locales, et dispense explicitement de contribution les bases de données publiques ainsi que les institutions de recherche publique et universitaire.

Le fonds est ouvert aux contributions depuis le 25 février 2025. Selon Mongabay, en août 2026 il n'avait reçu que deux contributions confirmées, pour un total de 6 000 dollars : 1 000 dollars versés par TierraViva AI le 19 novembre 2025, première contribution enregistrée, et 5 000 dollars versés par Prozomix en juillet 2026 ; Ginkgo Bioworks avait annoncé une contribution sans avoir encore rien versé. L'objectif attendu, toujours selon cette même source, se chiffre à 1 milliard de dollars par an, un montant qui reste une attente et non un objectif fixé par la décision elle-même.

Le mot biopiraterie figure-t-il dans le protocole de Nagoya ?#

Non. Une lecture intégrale du texte français officiel du protocole et du règlement européen 511/2014 ne trouve aucune occurrence du mot ni de « piraterie ». C'est un terme militant et doctrinal, pas une catégorie juridique du dispositif.

Le règlement européen s'applique-t-il aux affaires du neem et de Quassia amara ?#

Non. L'article 2.1 du règlement 511/2014 ne vise que les accès postérieurs au 12 octobre 2014, date d'entrée en vigueur du protocole pour l'Union. L'enquête à l'origine du brevet Quassia amara remonte au début des années 2000, et le brevet sur le neem a été révoqué dès 2001, confirmé en appel en 2005 : les deux affaires sont antérieures au texte.

Qu'est-ce que le certificat IRCC ?#

C'est le certificat de conformité reconnu à l'échelle internationale prévu par l'article 17 du protocole. Il naît automatiquement dès qu'un permis d'accès est transmis au Centre d'échange de la Convention, et porte au minimum l'autorité qui l'a délivré, une date, le fournisseur, un identifiant unique, la ressource concernée et la confirmation que le consentement préalable a été obtenu.

Combien la France a-t-elle délivré d'autorisations d'accès aux ressources génétiques ?#

Selon le bilan du ministère de la Transition écologique arrêté au 30 novembre 2025, la France a délivré 960 récépissés de déclaration, 13 autorisations d'accès à des ressources génétiques et 4 autorisations d'accès à des connaissances traditionnelles, qui portent toutes les quatre sur des communautés de Guyane.

Que risque une entreprise qui ne respecte pas ses obligations en France ?#

L'article L415-3-1 du code de l'environnement prévoit un an d'emprisonnement et 150 000 € d'amende, portés à 1 million d'euros en cas d'utilisation commerciale, avec un plafond fixé au double de l'avantage tiré de l'infraction et une interdiction pouvant aller jusqu'à cinq ans de solliciter une autorisation commerciale.

Le Fonds de Cali pour les données génétiques numériques est-il déjà financé ?#

Très peu, à ce jour. Selon Mongabay, il n'avait reçu en août 2026 que 6 000 dollars de contributions confirmées, loin de l'objectif attendu d'un milliard de dollars par an. Le taux de contribution des entreprises reste indicatif et doit être fixé par la COP 17, à Erevan, en octobre 2026.

Pour resituer ce mécanisme dans l'ensemble du droit de l'environnement, deux textes voisins aident à comprendre pourquoi le partage des avantages fonctionne ainsi : le principe de précaution, qui gouverne l'incertitude scientifique en amont, et le principe pollueur-payeur, qui organise la charge financière d'une atteinte à l'environnement une fois qu'elle est constatée. La convention d'Aarhus complète ce triptyque du côté de l'accès à l'information, condition pratique pour qu'un consentement préalable ait un sens. Sur le terrain des sanctions, le cas du protocole de Nagoya recoupe des logiques déjà vues autour de l'écocide et de la justice environnementale, deux notions qui interrogent, elles aussi, qui paie et qui décide quand la nature est en jeu.

• Parties to the Nagoya Protocol, Secrétariat de la Convention sur la diversité biologique, consulté le 2026-09-23
• Texte du protocole de Nagoya, version française, Convention sur la diversité biologique, consulté le 2026-09-23
• Règlement (UE) n° 511/2014 du 16 avril 2014, Office des publications de l'Union européenne, consulté le 2026-09-23
• Article L415-3-1 du code de l'environnement, Légifrance, consulté le 2026-09-23
• Article L412-8 du code de l'environnement, Légifrance, consulté le 2026-09-23
• Article L412-5 du code de l'environnement, Légifrance, consulté le 2026-09-23
• APA : bilan du dispositif, décembre 2025, ministère de la Transition écologique, consulté le 2026-09-23
• Décision T 0416/01, chambres de recours de l'Office européen des brevets, consulté le 2026-09-23
• Décision T 2510/18, chambres de recours de l'Office européen des brevets, consulté le 2026-09-23
• Le point sur la procédure d'opposition au brevet portant sur la molécule Simalikalactone E, IRD, consulté le 2026-09-23
• Paiement des avantages du rooibos aux communautés san et khoi, ministère sud-africain des Forêts, de la Pêche et de l'Environnement, consulté le 2026-09-23
• Décision 16/2, CBD/COP/DEC/16/2, Convention sur la diversité biologique, consulté le 2026-09-23
• Conférences 2026, Convention sur la diversité biologique, consulté le 2026-09-23
• UN fund for sharing biodiversity benefits struggles for attention and money, Mongabay, consulté le 2026-09-23