Zoonose : définition, transmission et risque pandémique

Pourquoi un mot aussi technique que « zoonose », longtemps cantonné aux manuels de microbiologie vétérinaire, s'est-il imposé en quinze ans comme un concept central des politiques publiques mondiales de santé ? La réponse tient en une seule observation : la quasi-totalité des pandémies contemporaines, du SRAS au COVID-19 en passant par les grandes vagues de grippe, sont des événements zoonotiques, c'est-à-dire des maladies passées de l'animal vertébré à l'humain par franchissement d'une barrière d'espèces. Comprendre ce concept n'est plus un luxe d'érudits, c'est une condition pour décoder les arbitrages sanitaires actuels, qui mêlent gestion forestière, élevage, commerce d'espèces sauvages et coopération internationale.

Cet article reprend la définition technique, décompose le mécanisme biologique du spillover (passage d'un pathogène à une nouvelle espèce hôte), et précise pourquoi la perte de biodiversité est désormais traitée par l'OMS comme une variable sanitaire à part entière. Aucune projection alarmiste ne sera mobilisée ici, l'objectif est de poser les bases techniques sans les colorer.

L'Organisation mondiale de la santé propose une formulation que je conseille de mémoriser dans son intégralité, parce que chacun de ses termes structure le concept :

« Une zoonose est une maladie ou une infection naturellement transmissible des animaux vertébrés à l'homme. »

Trois éléments méritent attention. D'abord, le mot « naturellement » exclut les transmissions accidentelles induites par des manipulations humaines extrêmes (laboratoires, biotechnologies). Ensuite, la restriction aux animaux vertébrés écarte certains pathogènes véhiculés par des invertébrés sans réservoir vertébré identifié. Enfin, le concept couvre aussi bien les maladies que les infections asymptomatiques, ce qui élargit considérablement le périmètre épidémiologique pris en compte par les services de surveillance.

L'OMS recense plus de deux cents types de zoonoses connues, ce qui donne une idée du volume du dossier. Une étude académique fondatrice, publiée en 2001 par Taylor et collaborateurs dans les Philosophical Transactions of the Royal Society of London, avait déjà documenté que soixante-et-un pourcent des mille quatre cent quinze agents pathogènes humains alors recensés étaient zoonotiques. Un quart de siècle plus tard, ce chiffre reste la référence académique de cadrage.

Pour comprendre l'enjeu écologique sous-jacent, il faut articuler ces données aux dynamiques générales de la biodiversité et au fonctionnement de l'écosystème, parce que la zoonose n'est pas un phénomène isolé mais un signal émis par un système écologique sous tension.

Une digression que je ressors à chaque cours, parce que je l'ai vue mal interprétée dans presque tous les manuels de vulgarisation que j'ai utilisés. Le chiffre des « soixante-quinze pourcent » de maladies zoonotiques que l'on lit partout est un raccourci trompeur. La formulation rigoureuse, validée par les Centers for Disease Control and Prevention américains, distingue deux populations qu'il ne faut surtout pas confondre.

D'une part, plus de six maladies infectieuses humaines connues sur dix peuvent se transmettre depuis les animaux. D'autre part, trois nouvelles maladies infectieuses sur quatre proviennent des animaux, c'est-à-dire que la proportion zoonotique est nettement plus élevée parmi les maladies émergentes que parmi le stock historique. Les deux pourcentages désignent des ensembles distincts, et leur confusion produit régulièrement des titres de presse imprécis qui agacent les épidémiologistes.

Ce détail compte parce que la politique publique de prévention est calibrée sur la deuxième population (les émergences), alors que les dispositifs de soin courants traitent surtout la première (les maladies installées). Le glissement sémantique masque cette différence stratégique.

Le mécanisme biologique du passage interspécifique, appelé en anglais « spillover », est désormais bien documenté. Une revue de référence publiée par Pauciullo et collaborateurs en octobre 2024 dans la revue Microorganisms identifie trois étapes cumulatives qu'un pathogène doit franchir pour s'installer durablement dans une nouvelle espèce hôte :

1. Acquérir la capacité d'infecter les cellules d'une nouvelle espèce hôte. Cela suppose une compatibilité moléculaire entre les protéines virales d'attachement et les récepteurs cellulaires de l'hôte (par exemple le récepteur ACE2, dont la conformation diffère entre humain et chauve-souris) ;
2. S'adapter pour faciliter la transmission intra-espèce. Le virus doit pouvoir circuler entre individus de la nouvelle espèce, pas seulement infecter ponctuellement ;
3. Développer la capacité de se propager à grande échelle dans la population. C'est l'étape qui distingue un spillover anecdotique d'une émergence épidémique.

Ces trois conditions reposent sur un substrat génétique précis : les virus à ARN possèdent un taux de mutation compris entre 0,1 et 1,0 mutation par génome par cycle de réplication, ce qui leur donne une plasticité évolutive bien supérieure à celle des virus à ADN. Cette plasticité, combinée à des contacts interspécifiques rapprochés, suffit à expliquer pourquoi les zoonoses virales dominent l'agenda sanitaire contemporain.

Sur la question de savoir si la barrière d'espèces est une protection robuste ou un simple ralentisseur, j'hésite à trancher, et je trouve sain que le débat scientifique reste ouvert. Les facteurs restrictifs cellulaires (immunité innée, protéines antivirales comme ZAP qui détecte les génomes riches en GC, récepteurs spécifiques d'espèce) bloquent effectivement la majorité des tentatives de spillover, mais la statistique brute (trois quarts des émergences récentes sont zoonotiques) laisse penser que la barrière fuit plus qu'on aimerait l'admettre.

Pour donner un ordre de grandeur, une revue de la littérature publiée en 2020 dans la base PubMed Central (article PMC7563794) estime que les treize zoonoses les plus communes provoquent à elles seules environ 2,4 milliards de cas et 2,7 millions de décès chaque année à l'échelle mondiale. Ces chiffres recouvrent des maladies très différentes (brucelloses, leptospiroses, salmonelloses, échinococcose, etc.), pour la plupart bien moins médiatisées que les pandémies aiguës.

S'y ajoutent les épisodes pandémiques. Le rapport de l'IPBES sur biodiversité et pandémies, publié en octobre 2020, retient une donnée frappante : presque cent pourcent des pandémies récentes (grippes, SRAS, COVID-19) sont d'origine zoonotique. Le même rapport estime à 1,7 million le nombre de virus encore inconnus circulant chez les mammifères et les oiseaux aquatiques, dont 540 000 à 850 000 pourraient avoir la capacité d'infecter les humains. Moins de 0,1 pourcent de ce risque viral potentiel a été inventorié à ce jour, ce qui donne une idée de la zone d'incertitude résiduelle.

Pour ancrer ces statistiques dans des cas concrets, je rappelle quelques jalons :

• Grippe espagnole, 1918-1919 : grippe A (H1N1), origine aviaire fortement suspectée mais non définitivement confirmée, entre 20 et 50 millions de morts selon l'Institut Pasteur, jusqu'à 100 millions selon des réévaluations publiées en 2020 ;
• SRAS, 2002-2003 : environ huit mille cas et près de huit cents décès, réservoir naturel chauve-souris insectivore (Rhinolophidae), hôte intermédiaire civette palmiste vendue sur les marchés chinois ;
• Ebola, identifié en 1976 : réservoir naturel présumé chez les chauves-souris frugivores (Pteropodidae), première épidémie à Yambuku (RDC) avec 318 cas et 90 pourcent de létalité ;
• Nipah, 1999, Malaisie : 105 morts, transmission via élevage porcin intensif installé à proximité d'habitats de chauves-souris frugivores déstabilisés par la déforestation ;
• COVID-19, fin 2019 : zoonose confirmée par consensus scientifique, plus proche parent connu RaTG13 isolé chez Rhinolophus affinis dans le Yunnan en 2013 (96 pourcent de similarité), hôte intermédiaire non définitivement identifié ; une étude de l'Université libre de Bruxelles publiée en mai 2025 suggère un acheminement à Wuhan via le commerce d'espèces sauvages, hypothèse non encore consensuelle.

À noter que pour la grippe aviaire A (H5N1), 964 infections humaines confirmées et 466 décès ont été signalés à l'OMS entre 2003 et le 20 janvier 2025, sans transmission interhumaine durable confirmée. La dengue, de son côté, a battu un record mondial en 2024 avec plus de 14,4 millions de cas, soit plus du double du pic précédent de 2023, avec une expansion documentée vers l'Europe, le Mexique et le Moyen-Orient sous l'effet du réchauffement climatique.

C'est ici que le concept croise frontalement les enjeux de conservation. Une étude publiée par Keesing et Ostfeld dans les Proceedings of the National Academy of Sciences en avril 2021 documente ce que les écologues appellent l'effet de dilution : la perte de biodiversité augmente paradoxalement le risque zoonotique, parce que les communautés appauvries sont dominées par des espèces réservoirs à cycle de vie rapide qui prolifèrent dans les habitats anthropisés.

Plus précisément, les auteurs montrent que onze pourcent des cinq mille trois cent trente-cinq espèces de mammifères terrestres hébergent des virus zoonotiques, et que cette proportion n'est pas distribuée au hasard : cinq ordres concentrent l'essentiel des pathogènes (rongeurs, chauves-souris, carnivores, primates, ongulés et cétacés). Les espèces réservoirs prospèrent dans les paysages dominés par l'humain, alors que les espèces sensibles disparaissent. Le paysage simplifié est statistiquement plus dangereux que le paysage diversifié.

Le lien avec la déforestation est documenté mais doit être manié avec précaution. Une revue conduite par l'INRAE en 2020 (Guégan et collaborateurs) souligne que sur 565 études analysées portant sur le triptyque forêt-déforestation-maladies, seulement 165 traitent réellement du lien et beaucoup manquent d'approche systémique. Le mécanisme est réel, mais le déterminisme causal direct (« la déforestation produit des pandémies ») relève d'une simplification que la littérature scientifique ne valide pas en ces termes. Préférer la formulation « facteur de risque établi dont les mécanismes restent partiellement compris » me paraît à la fois plus juste et plus utile pour l'action publique.

Une étude de cartographie publiée en 2025 par Viotti et collaborateurs identifie 277 000 km² où la restauration écologique réduirait significativement le risque de spillover, et 198 000 km² supplémentaires où la prévention de la déforestation aurait le même effet. Quatre-vingt-quinze pourcent de ces zones ne bénéficient actuellement d'aucune protection. Le chiffre est moins anecdotique qu'il en a l'air : il transforme la prévention pandémique en problème d'aménagement du territoire, pas en problème exclusivement médical.

Pour répondre à cette nature systémique du risque, l'OMS, la FAO, l'Organisation mondiale de la santé animale (WOAH, ex-OIE rebaptisée en 2022) et le Programme des Nations unies pour l'environnement ont formalisé en 2022 une alliance quadripartite autour du concept « One Health » (Une seule santé). L'idée structurante est que la santé humaine, animale et environnementale forment un système indissociable, et que séparer les budgets et les organisations sectorielles produit des angles morts épidémiologiques.

Sur le plan économique, l'OMS estime à au moins 37 milliards de dollars par an le bénéfice global attendu d'une approche One Health bien financée. À titre de comparaison, depuis 2003, les pandémies et grandes épidémies ont causé environ 15 millions de morts et 4 000 milliards de dollars de pertes économiques cumulées. Le rapport IPBES 2020 chiffre par ailleurs à 22-31 milliards de dollars par an le coût d'une politique de prévention sérieuse, soit deux ordres de grandeur de moins que les pertes liées à la réponse curative aux pandémies. La rationalité comptable est, sur ce dossier, exceptionnellement claire.

Une parenthèse personnelle, parce qu'elle a structuré mon enseignement de l'écologie de la santé. Quand j'ai présenté pour la première fois ces ratios à un groupe de cadres territoriaux en reconversion, plusieurs ont fait le rapprochement spontané avec d'autres dossiers où la prévention coûte structurellement moins cher que la réparation (eau potable, qualité de l'air, sols agricoles). La zoonose n'est pas un cas isolé, c'est un cas typique d'externalité environnementale dont la rentabilité préventive est documentée mais dont les budgets restent calibrés sur la réponse d'urgence. Le verrou n'est pas scientifique, il est budgétaire et institutionnel.

Pour synthétiser, le concept de zoonose se résume à trois propositions techniques qui tiennent ensemble :

1. La zoonose est un événement biologique structurel, pas une exception. Plus de soixante pourcent des maladies infectieuses humaines connues sont d'origine animale, et trois sur quatre des maladies émergentes le sont. Le franchissement de la barrière d'espèces est un phénomène statistiquement attendu, pas une anomalie.
2. Le spillover est multifactoriel mais pas mystérieux. Trois étapes biologiques cumulatives sont identifiées (infection, transmission, propagation), et leurs conditions favorisantes sont connues : contacts rapprochés liés à la déforestation et à l'élevage intensif, perte de biodiversité qui favorise les espèces réservoirs, plasticité génétique des virus à ARN.
3. La prévention coûte deux ordres de grandeur de moins que la réponse. L'évaluation économique consolidée (IPBES, OMS) est suffisamment robuste pour que la question pertinente ne soit plus « faut-il investir », mais « pourquoi n'investit-on pas davantage ».

Pour les chargés de mission environnement, les enseignants et les cadres de santé publique, la conséquence opérationnelle est nette : la zoonose ne se traite pas par la seule médecine humaine, elle se traite par une articulation entre conservation, agriculture, urbanisme et surveillance épidémiologique. C'est ce que l'approche One Health tente de structurer, avec un succès institutionnel encore inégal selon les pays.

• OMS, Fiche technique Zoonoses
• OMS, Fiche Une seule santé (One Health)
• CDC, About Zoonotic Diseases
• Pauciullo et al., Spillover : Mechanisms, Genetic Barriers, and the Role of Reservoirs, Microorganisms 2024
• Keesing & Ostfeld, Impacts of biodiversity and biodiversity loss on zoonotic diseases, PNAS 2021
• Zoonotic Diseases : Etiology, Impact, and Control, PMC 2020
• Viotti et al., Conservation priority mapping to prevent zoonotic spillovers, 2025
• Institut Pasteur, fiche maladie SRAS
• WHO, Ebola Disease Fact Sheet
• Gavi, Six major health threats 2026